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Über mich

Mein Erfahrungsbereich ist in der Molekularbiologie und Bioinformatik, insbesondere bei Genom-Analysen und PGT (PGS) Anwendungen. Bisherige Jobs im akademischen und industriellen Bereich umfassten v.a. die Arbeit mit Next-Generation Sequenzier- (NGS) Daten und genomischen screening Tests (PGT-A und arrayCGH).
Als freiberuflicher Bioinformatik-Berater stehe ich nun remote für Ihre Projekte zur Verfügung. Ich kann mit Ihrem Team von Laborwissenschaftler oder Softwareentwicklern arbeiten oder eigenständig für Sie Lösungen finden. Projekte, an denen ich beruflich beteiligt war, umfassen z.B.:

  • Entwicklung und Anwendung einer weltweit führenden Genom-Annotations-Pipeline (Ensembl am Wellcome Trust Sanger Institute, hauptsächlich Perl, etwas Java)
  • Infrastruktur-Entwicklung und Datenmanagement im Rahmen einer großen internationalen Kollaboration (ENCODE, hauptsächlich Perl)
  • Entwicklung von Genomischen Test-Produkten, insbesondere für in-vitro Diagnostics (IVF, chromosomales Screening mit BlueFuse Multi, BlueGnome Ldt. & IlluminaPerl, MatLab, Python, C++)

Neuere freiberufliche Aufgaben befassten sich z.B. mit der Analyse von Sequenzierdaten, der Erstellung von Datenverarbeitungs-Pipelines und der Weiterentwicklung von Analyse-Algorithmen. Viele Projekte wurden mit Design-, Prototyp- und Test-Phasen entwickelt, manche wurden zum ISO 13485 (medical devices) Standard konform ausgeführt. Das Verfassen von Dokumentation für Software und Bioinformatik-Projekte, sowie von peer-reviewed wissenschaftlichen Publikationen erledige ich gerne. Ich finde es sehr motivierend, Kunden meine Software zu erläutern und mit Ihnen Ideen zu entwickeln.

Weitere Stichworte zur Arbeit: Hochdurchsatz-Methoden, Pipeline-Entwicklung, Datenbank-Entwicklung, Webseiten-Design, Datenauswertung, Unix/HPC/Cloud-Systeme, bash scripting, in-vitro Diagnostik (IVD), Reproduktionsmedizin, pre-implantation genetic screening (PGT), Grossraum Mannheim-Ludwigshafen-Heidelberg-Frankfurt.

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Über Sie

  • Sie sind eine kleine Firma ohne eigene Bioinformatik-Abteilung?
  • Oder Sie sind bereits grösser, haben aber trotzdem mehr Arbeit als Mitarbeiter?
  • Vielleicht wollen Sie einfach ein paar Ideen ausprobieren ohne gleich Vollzeitkräfte einzustellen?
  • Wollen Sie neue Strukturen in die Entwicklungs-Methoden einführen?
  • Vielleicht wollen Sie einfach von neuen Ideen von jemandem ausserhalb der Firma profitieren?
  • Sie etablieren gerade Hochdurchsatz-Sequenzier-Methoden und brauchen Unterstützung, die Datenmenge sinnvoll zu bewältigen??


Vielleicht können wir zusammen neue spannende Lösungen finden!

Hier ist der typische Ablauf eines Projektes beschrieben.

Kontakt

Gene-Test Bioinformatics Solutions
USt-ID DE315058947
Dr. Felix Kokocinski
Jakob-Müller-Str. 16
68623 Lampertheim

Tel: 06256 8595951

Kontaktieren Sie mich, wenn Sie meine Unterstützung als freier Mitarbeiter (Freelancer / Berater) bei Bioinformatik-Projekten benötigen!
Kontaktanfragen auf Deutsch oder Englisch.

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Igenomix freelancer
Consulting for TRON